Isa Server 2004 dispone de muchas de las mismas características de Isa Server 2000, que en muchos casos han sido mejoradas para facilitar el uso y añadir funcionalidad. Entre algunas se encuentran administración de VPN, las propias reglas de cortafuegos, la publicación de OWA, soporte FTP, publicación de Web seguras, personalización de informes, etc... Por supuesto, también se añaden nuevas características, como el soporte de múltiples redes, filtrado de estado e inspección del tráfico VPN, cuarentena...