Trabajando en un proyecto con NHibernate + FluentHNibernate + SQLite como repositorio en memoria para hacer unas pruebas de integración (Gracias desde aquí a mi compañero @pedromsantos por tan magistrales clases) nos hemos encontrado con este error: SQLite lo hemos descargado desde NuGet y el problema es que te descarga la versión de 32 bits y si estas compilando para 64 bits te puedes encontrar con este problema. La solución es sencilla, descargarte la versión de SQLite con la que quieres trabajar...