Buenas noticias, ya se puede usar WSS 3.0 con TFS, Brian Keller, evangelista técnico de Team System, ha publicado una guía de cómo configurar Team Foundation para usar WSS 3.0, aquí os dejo el link al post.
OJO, una cosa antes de que alguno se lance, después de aplicar estos cambios, hay que instalar un hotfix que hay que solicitar a Microsoft Support, por lo que os recomiendo (al igual que Brian), que antes de lanzaros a hacer los cambios, solicitéis el hotfix, en el documento del post tenéis los detalles de cómo solicitar este hotfix.
Configuring Visual Studio 2005 Team Foundation Server with Windows SharePoint Services 3.0