Hace poco escribí como integrar Skype for Business con Ms Project. . Ahora vamos a ver  el caso contrario. desactivar Lync / Skype for Business en Project 2013, realiza  los siguientes pasos.

Tenemos un Project con la presencia activada en Lync / Skype para empresas

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Presencia en Lync / Skype para empresas desactivado:

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Para ello, instala la actualización acumulativa de abril de 2015 para Project  2013 (Consejo.prueba por completo en una máquina de prueba antes de utilizar en la producción):https://support.microsoft.com/en-us/kb/2965279

A continuación, creamos la clave de registro como se detalla en el artículo de KB.

Puedes hacer esto de forma manual o a través de PowerShell, un ejemplo del comando PowerShell

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Esto creará la siguiente clave:

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Realiza siempre una copia de seguridad del registro antes de realizar cambios (de forma manual o mediante PowerShell etc.)

Para habilitar de nuevo la presencia de Lync / IM debes de actualizar los datos de valor clave DisableIMStatus a 0 y reiniciar Project.