Me he encontrado con este artículo, ya un poco antiguo, con un montón de motivos por los que el Open Source suele tener unas interfaces de usuario tan nefastas, y con algunas ideas para mejorar:

http://mpt.net.nz/archive/2008/08/01/free-software-usability

Hace ya unos cuantos años esta misma persona escribió un post similar con muchas de las ideas ya apuntadas y apuntado en dos partes:

http://web.archive.org/web/20030201183139/http://mpt.phrasewise.com/discuss/msgReader$173

http://web.archive.org/web/20030211031033/mpt.phrasewise.com/discuss/msgReader$182

Merece la pena darle una lectura, porque en realidad estos males aquejan no sólo al software gratuito (con demasiados gallos en el gallinero) sino también a la mayor parte de las empresas PYME que hacen software.