Si bien ya se dispone de esto desde versiones anteriores, en Visual Studio 2008 hay mejoras en las 2 principales formas de despliegue de aplicaciones windows; recomiendo revisar estos enlaces de msdn:
Implementacion de Click Once
http://msdn.microsoft.com/es-es/library/t71a733d.aspx
Implementacion de Windows Installer
http://msdn.microsoft.com/es-es/library/2kt85ked.aspx