Cuando no se ejecutan muy seguramente sea porque no tienes registrado el framework para el IIS aunque esté instalado por ejemplo porque se instaló el framework primero y luego IIS en tu Windows 2003 server.
Debes usar para ello el comando aspnet_regiis -i -enable que te va a habilitar la ejecución de paginas asp.net y el mapeo de los
ficheros .aspx a la librería aspnet_isapi.dll que se va a encargar de manejar las peticiones http de dicha extensión de ficheros. Debes encontrarlo por defecto en la siguiente ruta unidad de sistema:windowsmicrosoft.netFrameworkversion del framework
Tambien en tu sitio web tienes que dar permisos de lectura y ejecución (Ojo no de control ni modificar ) al usuario everyone para
poder ejecutar las paginas web .aspx de tu sitio web tanto a nivel de NTFS como Ejecución de scripts a nivel de IIS
Espero que os sirva para salir de algun apuro a más de uno.
Saludos
Sergio