Haciendo el despliegue de una aplicación al directorio _Layouts de Sharepoint.
No lo sabia, esta interesante para casos en los que todos los sitios de un sharepoint tienen que usar un aplicación por ejemplo de administración, no lo he probado pero parece que ademas se puede heredar de la master del sitio.
http://blogs.msdn.com/cjohnson/archive/2006/09/05/740498.aspx