En esta última versión del SDK hemos podido encontrar ciertos problemas con las aplicaciones de tipo Fast CGI, como por ejemplo esto:
Este error es debido a que, al crear una nueva aplicación con la nueva plantilla proporcionada por el SDK e intentar configurarla para Full IIS, no es capaz de encontrar el runtime de php y por lo tanto lanza una excepción, lo cual significa que por el momento las aplicaciones de tipo Fast CGI no soportan Full IIS 
Para solventar este escenario únicamente debemos comentar el elemento Sites del archivo ServiceDefinition.csdef
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <ServiceDefinition name="PHPWindowsAzure" xmlns="http://schemas.microsoft.com/ServiceHosting/2008/10/ServiceDefinition"> <WebRole name="WebCgiRole_PHP" enableNativeCodeExecution="true"> <!--<Sites> <Site name="Web"> <Bindings> <Binding name="Endpoint1" endpointName="Endpoint1" /> </Bindings> </Site> </Sites>--> <Endpoints> <InputEndpoint name="Endpoint1" protocol="http" port="80" /> </Endpoints> <Imports> <Import moduleName="Diagnostics" /> </Imports> </WebRole> </ServiceDefinition>
Si ejecutamos de nuevo la aplicación, la misma arranca sin problemas 
¡Saludos!