¿Como obtengo el path de capetas del sistema (por ejemplo System, Archivos de Programa etc…)?

Si estas programando una aplicación nativa (en C++) debes usar la función SHGetFolderPath, si quieres añadir un subdirectorio al valor devuelto (p.e.: C:Archivos de programaTu applicacion) lo puedes hacer directamente con la función SHGetFolderPathAndSubDir. Estas funciones tienen como requisito Windows 95 con Internet Explorer 5.0, Windows 98 con Internet Explorer 5.0, Windows 98 Second Edition (SE), Windows NT 4.0 con Internet Explorer 5.0, Windows NT 4.0 con Service Pack 4 (SP4).

Tambien puedes utilizar las siguientes funciones:

GetSystemDirectory(), para obtener el directorio de sistema.
GetWindowsDirectory(), para obtener el directorio de windows.
GetTempPath(), para obtener el directorio temporal.

Si estas programado una aplicación manejada, usando C#, VB.Net, C++/CLI u otro lenguaje .net hechale un vistazo al método GetFolderPath de la clase Environment y a la enumeración SpecialFolder.